Por todos los sintomas que has ido comentando poco a poco cada vez con mas detalle, me suena cada vez mas a un cambio completo del famoso "bloque optico" o "mecanismo del CD", nada de ajustes, si no sustitucion directa de la pieza enterita por una nueva.
El S.T. oficial te lo confirmará, y si es asi, no deberian cobrarte.
Realmente es mala suerte tratandose de un mk3. Por cierto, tiene codigo pin? si lo tiene, definitivamente es un BS9000 de ultima generacion, otra forma de distinguirlo rapidamente de los modelos antiguos es si NO tiene el famoso boton rojo gordo de apagado en el lateral.
Aqui se ve muy bien en la parte mas baja: