Efectivamente, he realizado un poco de busqueda por la red y he encontrado la causa del problema:
The MCE Remote uses a "toggle key" algorithm when sending IR commands which means that each time you press the SAME key a different command is sent via the remote.
While this is not an issue if you use the MCE Remote and Receiver, replacing either component can cause problems.
For example, teaching the MCE commands to a universal remote control is impossible unless the unit supports this feature. Also if you use a different receiver or blaster, then again it must be able to handle toggle keys otherwise you must press each key twice for a learned command to be recognised. Some receivers (such as IRMan) are not compatible at all with the MCE Remote as they produce the same code for multiple buttons
La solución pasa por asignar dos código IR alternativos para cada boton, lo he probado y funcionaria si fuera posible indicar al Beo 5 utilizar cada código de forma alternativa para cada botón.
La otra solución mas "cutre" que estaba utilizando es lanzar una orden IR de un botón que prácticamente no se utilice, después de la del botón en cuestión.
Otro tema que me he encontrado no sólo con este mando sino también con otros, es que hay ciertos botones que, o no los captura bien el RCII o no se convierten bien, ya que después de probarlo varias veces (para descartar error humano), me sigue sin funcionar.